Университет основан постановлением Государственного совета Российской империи как Императорский Сибирский университет в г. Томске 16 (28) мая 1878 года.

Проект зданий университета был выполнен петербургским академиком архитектуры Александром Бруни и творчески воплощен томским архитектором Павлом Нарановичем.

Университет был  открыт 22 июля 1888 года с одним факультетом – медицинским (с 1930 года –Томский мединститут, ныне СибГМУ). Занятия начались 13 сентября 1888 года лекцией профессора Сергея Коржинского "Что такое жизнь?".

Второй факультет университета – юридический был открыт только в 1898 году.