Немецким предшественником современного Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта является Кёнигсбергский университет (Альбертина) (1544—1945), один из старейших вузов Восточной Пруссии и всей Европы, история которого насчитывает более четырёхсот лет.

В ходе послевоенного восстановления Калининградской области 21 июля 1947 года Совет Министров СССР принял Постановление № 2601 «О мерах помощи городскому хозяйству Калининградской области» — в нём облисполкому разрешалось организовать педагогический институт в Калининграде.

В результате, в 1947 году был создан Калининградский государственный педагогический институт (КГПИ). В июле 1948 года институт начал работу. Первоначально в институте существовали три факультета: исторический, литературный и физико-математический. Позже исторический и литературный факультеты были объединены в историко-филологический факультет, были открыты факультет педагогики и методики начального обучения и факультет естественных наук. Имена первых студентов, окончивших университет с красным дипломом, были выбиты золотыми буквами на стене вестибюля здания. В числе выпускников был С. В. Даниель-Бек, будущий главный редактор Калининградского книжного издательства.