В 1906—1909 и 1917—1918 годах — ректор Томского университета, один из создателей биологической науки и биообразования в Сибири. Преподавал также в Томском технологическом институте со времени его открытия и Томском учительском институте, участвовал в организации Сибирских высших женских курсов, был основателем Томского отделения Русского ботанического общества.

Автор трудов по физиологии растений (накопление в листьях в процессе фотосинтеза белков наряду с углеводами) и географической характеристике природы Алтая и Семиречья. В своих работах применял географический метод в гляциологии. Из своих путешествий Василий Сапожников привозил массу материалов, которые составили основу коллекций некоторых отделов гербария. Большим вкладом в науку были описанные им новые виды растений. Особенно много среди них было остролодочников, вероятно, это были любимые растения профессора Сапожникова. Ученики Василия Васильевича не раз называли его именем новые  растения. А один из них – Борис Константинович Шишкин – назвал даже род растений "Сапожниковия". Имя ученого носят и ледники на  Алтае и в Джунгарском Алатау, горные пики в Тянь-Шане.