В 1998 году ТГУ указом президента РФ включен в государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации. В апреле 2010 года вуз получил статус национального исследовательского университета. В 2013 году вошел в топ-15 ведущих университетов России, которые получают господдержку для вхождения в первую сотню вузов мировых рейтингов.

Сейчас в структуре университета:

В вузе обучаются почти 16 тысяч студентов  по 135 направлениям и специальностям, 738 аспирантов, из которых 115 иностранцев, более 100 докторантов по 36 специальностям. Обучение в аспирантуре ведется по 20 учебным программам, из которых семь программ с двойным руководством.